Returning a matrix with information on connections between patches
matrix.graph.RdBased on a landscape graph, this function allows the creation of a matrix of Euclidean distances (straight-line pairwise distance between the margins of all the patches), matrix of topological distances (minimum number of connections between any two patches) and adjacency matrix (this a matrix of 0 and 1, showing the adjacency between any two patches, where 0 means that the patches are not connected and 1 means that the patches are connected).
Arguments
- rl
Object of class 'landscape'.
- mat
mat - one of the following:
'euc_distance' - euclidian distance between patches (edge-to-edge).
'centr_distance' - euclidian distance between patches (centroid-to-centroid).
'adjacency' - adjacency matrix, with values d_ij, taking value 0 if patches i and j are not connected and value 1 if those patches are connected.
'top_matrix' - topological distance, with values d_ij, where the value d is the minimum number of connections between the patches i and j. Topological distance is defined as the minimum number of links between patches i and j.
Value
This function returns a matrix (each one of the specified matrices: Euclidean distance, topological distance and adjacency matrix).
Examples
data(rland)
#Computing matrix of topological distances:
matrix.graph(rl=rland, mat="top_matrix")
#> 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
#> 1 0 1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 2 NA 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 3 NA NA 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 4 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 5 NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 6 NA NA NA NA NA 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 7 NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 8 NA NA NA NA NA NA NA 0 2 2 1 1 3 2 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 9 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 4 3 1 1 4 2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 10 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 1 3 5 2 4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 2 4 1 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 12 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 2 3 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 13 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 5 3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 14 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 15 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 16 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 17 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 1 0 0 0 0 0 0 0
#> 18 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 19 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 1 1 0 0 0 0
#> 20 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 2 0 0 0 0
#> 21 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0
#> 22 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 1 3 3
#> 23 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 4 4
#> 24 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 3
#> 25 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0
#> 26 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 27 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 28 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 29 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 30 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 31 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 32 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 33 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 34 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 35 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 36 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 37 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 38 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 39 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 40 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 41 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 42 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 43 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 44 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 45 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 46 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 47 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 48 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 49 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 50 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 51 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 52 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 53 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 54 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 55 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 56 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 57 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 58 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 59 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 60 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50
#> 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 22 2 3 3 1 2 2 1 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 23 3 4 4 2 3 3 2 4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 24 2 2 3 4 5 1 2 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 25 1 1 1 4 5 2 2 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 26 0 1 1 3 4 1 1 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 27 NA 0 2 4 5 2 2 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 28 NA NA 0 4 5 2 2 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 29 NA NA NA 0 1 3 2 4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 30 NA NA NA NA 0 4 3 5 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 31 NA NA NA NA NA 0 1 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 32 NA NA NA NA NA NA 0 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 33 NA NA NA NA NA NA NA 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 34 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 35 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 36 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 37 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 38 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 39 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 40 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 41 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 42 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 1 1 0 0 0 0 0 0
#> 43 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 1 0 0 0 0 0 0
#> 44 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0
#> 45 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 1 3 2 0 0
#> 46 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 2 1 0 0
#> 47 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 1 0 0
#> 48 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0
#> 49 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0
#> 50 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0
#> 51 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 52 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 53 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 54 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 55 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 56 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 57 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 58 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 59 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 60 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60
#> 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 23 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 31 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 43 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 44 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 45 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 48 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 49 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 50 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 51 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 52 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 53 NA NA 0 2 1 1 0 0 0 0
#> 54 NA NA NA 0 1 3 0 0 0 0
#> 55 NA NA NA NA 0 2 0 0 0 0
#> 56 NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0
#> 57 NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0
#> 58 NA NA NA NA NA NA NA 0 1 0
#> 59 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0
#> 60 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0